È un lavaggio del colon, la parte terminale dell'intestino in cui si formano le feci, effettuato tramite un piccolo e corto sondino introdotto nell'ano, con acqua normale filtrata e senza alcuna sostanza aggiunta, a bassa pressione e temperature variabili entro limiti fisiologici. 
Essa non comporta, come dice chi non la conosce realmente, impoverimenti di flora batterica. È finalizzata a pulire attivamente e profondamente il colon e a rieducarne la funzionalità per migliorare vari disturbi intestinali e digestivi e così disintossicare tutto l'organismo dall'eccesso di scorie che si formano e cronicamente si accumulano. Questa disintossicazione profonda spiega i benefici che si possono ottenere attraverso una migliore funzionalità dell'apparato digerente su tutto il benessere psicofisico nelle sue varie manifestazioni, giungendo addirittura a miglioramenti del metabolismo e dell'estetica. 
Si può effettuare anche in età pediatrica -da personale esperto- e molto avanzata, sempre previa valutazione del medico responsabile; non è necessaria sedazione. Risulta controindicata, almeno temporaneamente, in poche situazioni come interventi chirurgici effettuati nell'ultimo mese sull'addome o sul bacino, gravidanze a rischio o prossime al termine, patologia infiammatoria del colon (Malattia di Crohn, Rettocolite Ulcerosa) in fase acuta di diarrea sanguinante, diverticolite acuta con febbre e sanguinamento. Altre situazioni, come ernie, emorroidi e patologia anale, insufficienze epatiche renali o cardiache, vanno caso per caso valutate dal medico responsabile della terapia. 
Non determina dolore in senso stretto, ma solo a tratti ed in misura variabile la percezione delle contrazioni intestinali di svuotamento, che il paziente solitamente conosce. La durata media del singolo trattamento è circa un’ora. L'intestino, stimolato naturalmente dalla metodica di lavaggio, impara un poco alla volta a svuotarsi spontaneamente in un sistema di condotti a circuito chiuso, senza situazioni sconvenienti. 
La pulizia che si ottiene è molto profonda, al punto che si può usare l'Idrocolonterapia anche per preparare l'intestino alla colonscopia; in questo caso, però, è necessaria una preventiva valutazione del medico almeno 10-15 giorni prima. Infatti, il principale ostacolo alla Idrocolonterapia (ed ovviamente anche alla colonscopia) sono gli eccessivi ristagni cronici di feci compatte e dure nell'intestino, cosa troppo spesso sottovalutata. 
Pertanto, come PREPARAZIONE, si consiglia nei giorni prima del trattamento un'alimentazione leggera e digeribile con buone quantità di acqua e vegetali ben masticati e passati di verdura; inoltre SI RACCOMANDA, per agevolare il trattamento al paziente ed ottimizzarne la riuscita, l'assunzione di un semplice cucchiaino da caffè di Magnesia San Pellegrino (Idrossido di Magnesio) in un bicchiere di acqua calda la sera precedente (e, per chi non evacua perfettamente ogni giorno, anche le 2 o 3 sere precedenti). 
Il giorno del trattamento, è sufficiente avere se possibile lo stomaco abbastanza libero almeno nelle ultime 2 o 3 ore; è comunque raccomandabile un’alimentazione più leggera e digeribile nelle 24 ore precedenti e in quelle seguenti al trattamento. 
Dopo l’Idrocolonterapia in genere ci si sente più leggeri ed energici, solo talvolta si può avvertire un certo bisogno di riposare; pertanto è utile non programmarsi attività fisiche troppo pesanti nella mezza giornata seguente. Raramente, si può avvertire qualche sensazione di fastidio o gonfiore addominale per le successive 24 ore circa dovuta alla stimolazione dell'attività intestinale. Le evacuazioni spontanee generalmente riprendono dopo 2-3 o talvolta 4 giorni (in base alla stipsi), divenendo progressivamente più regolari e soddisfacenti.